简介
以神奥地区为舞台，加入了许多新登场的神奇宝贝与原有神奇宝贝的新进化型，以此所展开的新冒险。这次同样也可以选择男／女主角进行游戏，没选择的另一位主角会成为支援主角的角色，而不论选择哪一位主角，竞敌都是共通的。此外，这次有敌对组织“银河队”登场。
本作登场的神奇宝贝共有493只，总共追加了107只新神奇宝贝。其中登场的神奇宝贝大多数都有进化前、进化后的型态是一大特征。但不过在游戏初期，玩家只可以用博士提供的“神奥地区图鉴”看到151只神奇宝贝，直至游戏完成和完成图鉴（150只，玛纳霏除外）后收到博士给的全国图鉴后，才可以看到所有旧版和少数新追加的神奇宝贝。
本作第一次将地图画面3D化。在建筑物旁可以看见侧面，从高的地方可以发现较低处的物体会变小，加强了远近法的表现。此外在事件剧情时，也可以看到以简单的建模作成的神奇宝贝与建筑物（直到前作为止都仅采用位图描绘）。
角色 (162)
ライチュウ
1
ドククラゲ
1
ゴローン
1
ゴローニャ
1
ポニータ
1
ギャロップ
1
ゴース
1
ゴースト
1
ゲンガー
1
イワーク
1
ラッキー
1
トサキント
1
アズマオウ
1
バリヤード
1
コイキング
1
ギャラドス
1
カビゴン
1
ピチュー
1
ドクケイル
1
ヒコザル
1
ポッチャマ
1
マナフィ
1
パルキア
1
ディアルガ
1
アグノム
1
エムリット
1
ユクシー
1
マニューラ
1
ユキノオー
1
ユキカブリ
1
タマンタ
1
ネオラント
1
ケイコウオ
1
マスキッパ
1
ドクロッグ
1
グレッグル
1
ドラピオン
1
スコルピ
1
カバルドン
1
ヒポポタス
1
ルカリオ
1
リオル
1
ゴンベ
1
ガブリアス
1
ガバイト
1
フカマル
1
ミカルゲ
1
ペラップ
1
ピンプク
1
マネネ
1
ウソハチ
1
ドータクン
1
ドーミラー
1
スカタンク
1
スカンプー
1
リーシャン
1
ブニャット
1
ニャルマー
1
ドンカラス
1
ムウマージ
1
ミミロップ
1
ミミロル
1
フワライド
1
フワンテ
1
エテボース
1
トリトドン（にしのうみ）
1
カラナクシ（にしのうみ）
1
チェリム
1
チェリンボ
1
フローゼル
1
ブイゼル
1
パチリス
1
ビークイン
1
ミツハニー
1
ガーメイル
1
ミノマダム
1
ミノムッチ
1
トリデプス
1
タテトプス
1
ラムパルド
1
ズガイドス
1
ロズレイド
1
スボミー
1
レントラー
1
ルクシオ
1
コリンク
1
コロトック
1
コロボーシ
1
ビーダル
1
ビッパ
1
ムクホーク
1
ムクバード
1
ムックル
1
エンペルト
1
ポッタイシ
1
ゴウカザル
1
モウカザル
1
ドダイトス
1
ハヤシガメ
1
ナエトル
1
チリーン
1
ミロカロス
1
ヒンバス
1
ナマズン
1
ドジョッチ
1
ロゼリア
1
チャーレム
1
アサナン
1
ルリリ
1
ペリッパー
1
キャモメ
1
マユルド
1
アゲハント
1
カラサリス
1
ケムッソ
1
ハピナス
1
マンタイン
1
オクタン
1
テッポウオ
1
ニューラ
1
ヘラクロス
1
ハガネール
1
キリンリキ
1
アンノーン
1
ムウマ
1
ヤミカラス
1
ヌオー
1
ウパー
1
エイパム
1
ウソッキー
1
マリルリ
1
マリル
1
ピィ
1
クロバット
1
ヨルノズク
1
ホーホー
1
イシツブテ
1
メノクラゲ
1
カイリキー
1
ゴーリキー
1
ワンリキー
1
フーディン
1
ユンゲラー
1
ケーシィ
1
ゴルダック
1
コダック
1
ゴルバット
1
ズバット
1
ピクシー
1
ピッピ
1
シロナ
1
ピカチュウ
1
ヒカリ
1
ミカン
1
コウキ
1
アカギ
1
マーズ
1
ジュピター
1
サターン
1
オーキド博士
1
カラナクシ（ひがしのうみ）
1
トリトドン（ひがしのうみ）
1
