简介
1973年、三重県志摩でギャオスの群れとガメラが戦い、ガメラは自爆し相打ちとなった。それを見た人々は、ガメラが自爆して人間を守ってくれたと感じた。その人々の中に相沢孝介少年の姿があった。
それから33年後の2006年、孝介の息子・透は母親を亡くして初めての夏休みを迎えた。緋島に赤い光を認めた透は、赤い石とその上の卵を見つけ、掌の上で孵化したカメを部屋に連れ帰りトトと名付ける。
トトは空中に浮かぶ能力を持ち、極めて成長が速かった。隣家に住む幼馴染み・西尾麻衣はトトが飛ぶカメ=ガメラではないかと疑うが、透はそれを否定しようとする。透に懐いたトトは数日で1メートルを越えるまでに成長したが、ある日透の前から姿を消す。
落胆する透らを人を食う怪獣ジーダスが襲う。そこに立ちはだかったのは更に成長したトトであった。トトは満身創痍になりながら辛くもジーダスを撃退するが、自衛隊によって名古屋の研究機関に連れ去られてしまう。巨大化したトトを見た孝介はガメラだと確信する。
名古屋には心臓手術のために入院していた麻衣がいた。麻衣はお守りとして透から渡された赤い石がガメラにとって大事なものであると感じる。これを聞いた透とその友達・石丸兄弟は避難所を抜け出して名古屋に向かい、書き置きを見た孝介も彼らを追って車を走らせる。その時ジーダスが名古屋港に現れた。これ以降、傷付きながらも立ち上がるガメラ、ガメラを助けようとする子供達、透と孝介の関係、透の決意を織り交ぜながらクライマックスを迎える。
故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，小透给小乌龟起名为“透透”，并瞒着父亲孝介把透透养在家里。
平常在家里不爱说话的小透，由此一天天的开朗起来，这让孝介感到惊讶而欣慰。然而，事情并没有这么简单，这并不是普通的小乌龟，它不但生长速度惊人，而且还懂得制造气流在空中飞行，青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切，她告诉小透，透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉。后来，透透长大到实在没法遮掩，小透便把它搬进了海边一个秘密小屋。
麻衣原来一直有心脏毛病，翌日她将要到名古屋的大医院动手术。得知此事，小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石，而这块守护石，正是透透出生时那块发出红光的石头窝，麻衣为此向“两个小透”都表示感激。
一天，小屋里的透透突然不见踪影，小透正要四出寻找，一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现，不仅在市镇上大肆破坏，还掠食人类。孝介赶到现场，打算带儿子和他的小伙伴脱离险境，却不知积达士已经在背后张开了血盆大口。千钧一发之际，一个庞大身影闪过将积达士撞开，果然，透透就是年幼的加美拉。
只有成年体型四分之一的透透，经过苦战一场，终于把积达士打入大海，而自己也耗尽了力气，被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走，小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开。不过，坏消息随后带来了一个好消息：麻衣的母亲来电告诉小透，女儿的手术顺利完成，奇怪的是，麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透。
学者雨宫本想对加美拉进行催长手术，好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击，没想试验还在进行的时候，积达士再次在名古屋登陆，直接给研究所杀了个措手不及，成长不完全的透透，也只好再度迎战。而此时的小透，正在赶往名古屋的路上，他明白到守护石必须回到透透身上，才能让透透发挥出最大的力量。
可是小透徒步实在太慢了，麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去，却被父母和医生劝阻，透透面对积达士完全没有还手之力，这下子可危险了……！
