简介
キノコ王国で、オヤ・マー博士が「コバルトスター」を原動力とするタイムマシンを発明した。それに乗って過去のキノコ王国へと行ったピーチ姫だったが、帰ってきたタイムマシンはボロボロになっていたうえに、中にピーチ姫の姿はなくなっていた。その代わりにいたのは謎の異星人「ゲドンコ星人」だった。
ゲドンコ星人はより住みやすい星を求めて過去のキノコ王国を攻撃していたのだ。そこへ城の中に過去の世界へ続くタイムホールが現れた。
そこでマリオとルイージは、ゲドンコ星人の手からピーチ姫を救いに行くため過去の世界へ向かう。
