简介
翔直人、馬場一平、井上ゆかは、桜ヶ丘中学に通う中学2年のクラスメート。両親がインテリア店を営む一平の家の地下に、3人だけの秘密のラボを作っている。中古パーツを集めて組み上げたコンピュータ「ジャンク」を中心に、研究と開発の日々に明け暮れていた。
藤堂武史も直人たちのクラスメートだが、陰湿な性格で友達はおらず、家でも両親が出張中でいないなど、孤独なコンピュータオタクとなり自室にこもってばかりいた。武史がゆかの家に怪獣ギラルスでハッキングを仕掛けていたその時、目の前に現れたのは、魔王・カーンデジファーだった。カーンデジファーは「ハイパーワールド」と呼ばれる異次元空間から逃亡してきた悪魔で、武史のコンピュータに寄生し「コンピュータワールド」に生きている。武史の負の感情に付け込んだカーンデジファーは、武史を意のままに操りさまざまな怪獣を生み出し、地球を破壊・征服しようと企む。
直人たちはコンピュータワールドの異常に気付いた。そしてその時、一平がジャンクの中で描いていたCGグリッドマンに、カーンデジファーを追って地球にやってきたハイパーエージェントが乗り移り電光超人となった。直人はグリッドマンと共にカーンデジファーと闘うため、グリッドマンと合体することを決意する。
こうして、グリッドマンとカーンデジファー、直人たちと武史の闘いが始まった。
