简介
ゴジラと機龍の死闘から1年が経過していた。そんな折、かつてインファント島を調査し、モスラの日本襲撃の際に尽力した中條信一の元に小美人が現れる。彼女たちは死んだ生物に人間が手を加えてはならないとして、機龍を海に帰すよう求め、その代わりにモスラが命を懸けてゴジラを食い止めることを約束する。しかし、その場に居合わせた信一の甥・義人にとって、それは受け入れられない要請だった。義人は機龍の整備士であり、機龍に対しては並々ならぬ愛着を抱いていたのである。
信一が旧友でもある五十嵐隼人首相に直接、この件を請願したことから、事態は問題化することになる。政府にとって機龍はゴジラ対策の要であり、モスラは日本を襲撃した外敵に他ならないからだ。政府はこの請願を拒否し、先の対ゴジラ戦で大きく損傷した機龍の整備を急がせる。
ゴジラの脅威は再び日本に迫りつつあった。九十九里浜ではゴジラに襲われたと推測される巨大生物カメーバの死体が打ち上げられ、グアム島沖ではアメリカの原子力潜水艦がゴジラに襲撃される。政府は1年前に対ゴジラ戦で破壊し尽され、再開発途中の品川地区で迎撃することを決定する。
やがてゴジラが東京に上陸した。その進路上には機龍の設けられている八王子駐屯地がある。一方、信一の孫・瞬はモスラを呼び寄せるため、学校の校庭に机を持ち出してインファントの紋章を描く。ゴジラが品川埠頭の防衛ラインを突破したその時、どこからともなくモスラが飛来、ゴジラと激突する。
五十嵐は機龍の出動を待機させるも、モスラはゴジラの攻撃に傷ついていく。その姿を見た五十嵐は機龍の出撃を決意する。ゴジラとの死闘の中、モスラが倒れ、機龍もゴジラとの近接戦闘で回路を破壊され起動停止に陥るが、義人の修理により再起動を果たす。そんな中、親モスラの遺していた卵から誕生した双子の幼虫が東京に上陸し、口から吐く大量の糸でゴジラの動きを封じた。小美人が人間たちにゴジラの骨を海に沈める(=機龍を海に沈める)よう訴えたその時、機龍が再び暴走を始め、ゴジラを抱えて海に向かって飛行し始めた。義人は機龍と運命を共にしようとするが、機龍はそれを拒むように非常口を開いた。機龍は義人に、義人は機龍へ別れを告げ、義人は機龍から脱出した。機龍はゴジラを抱えたまま海へ身を投げ、ゴジラの骨と魂は静かに海底へ沈んでいった。
