简介
日本を襲ったゴジラを防衛軍が撃退してから、半世紀が経とうとしていた。防衛軍はグアム島沖で消息を絶った原子力潜水艦を救助するため、特殊潜航艇「さつま」に出動命令を下す。現場に向かった「さつま」のクルー・広瀬は、原潜の残骸の近くで青白く光りながら移動する巨大な生物の背びれを目の当たりにする。
一方、新潟県・妙高山の大田切トンネルでは暴走族が突如発生した地震によって落石と土砂の下敷きとなり、鹿児島県・池田湖では盗品でパーティーを開いていた11人の若者が翌日、白い繭に包まれた状態の遺体で発見されるという、怪事件が続出する。「BS・デジタルQ」のリポーター・立花由里は、事件の場所が『護国聖獣伝記』に記されている3体の聖獣バラゴン・モスラ・ギドラが眠る場所に一致していることに気づくと、その謎を突きとめるため、伝記の著者・伊佐山嘉利に出会う。そこで「ゴジラは太平洋戦争で死亡した人々の怨念の集合体である」と語る伊佐山の姿に、由里は彼がゴジラから日本を守るために護国聖獣を蘇らせようとしていることを知る。
ゴジラは小笠原諸島・孫の手島を壊滅状態にした後、静岡県・焼津港へ上陸し、そのまま東京を目指す。山梨県・本栖湖付近にはバラゴンが現れ、神奈川県箱根町の大涌谷でゴジラに戦いを挑むが、敗れてしまう。そんな中、池田湖ではモスラの巨大な繭が浮上し、富士の樹海の氷穴ではギドラが目覚めようとしていた。
防衛軍もゴジラ迎撃に挑むが、ゴジラに通常兵器は効かず、その進撃を食い止められない。横浜の最終防衛ラインで待ち構える防衛軍の目の前で、ゴジラとモスラ、ギドラの死闘が始まる。
