简介
游戏系统
游戏的系统相对前两代有了很大的变化。
操作方面：主角能够同时拥有两种武器，通过SFC手柄上的X键可以切换，死亡时只丢失当前使用的武器；增加了“定位射击”的动作，按住R键攻击时可以站在原地固定不动任意向八个方向射击；L、R键同时按住时再按攻击可以同时使用手上的两种武器乱射。
武器方面：机枪M和增加子弹速度的R被取消，加入了爆发弹C和GB版的魂斗罗中出现的新武器——追踪弹H（但每次发射的子弹数量变为一颗）。霰弹S也出于武器平衡性的考虑降低了攻击力。火焰弹F变为按住不放即可在一定范围内持续喷射火焰的火焰喷射器。以前的瞬间无敌被改为街机版《超级魂斗罗》的俯视画面中出现的可由玩家自由选择时间发动的炸弹。每条命自带一个，在游戏中还可以得到更多，损失一条生命后炸弹数量也重新变成一个。主角在第一关还可以乘坐坦克。
游戏加入了难度选择系统，只有NORMAL和HARD难度下才可能与真正的最终BOSS交手。
情节
公元2636年，不甘心数次失败的异形终于发动了对地球的大规模侵略战争，在异形压倒性的科技面前，人类一时束手无策，面对敌人的攻击节节败退，两度打败异形的魂斗罗小队的传奇战士比尔和兰斯再度临危受命，前去直接破坏敌人的中枢系统，以协助人类展开反击。
游戏流程
游戏共有6关，其中1、3、6为常规横版卷轴；4为强制横版卷轴；2、5为俯视视角画面，值得一提的是这两关充分运用了SFC主机的回转放缩机能，玩家可以用L和R键改变主角所面对的方向。主角从被破坏的城市开始，一步步逼近异形的核心。在最后一关，玩家可以看到很多前两作出现的背景和敌人，但在画面表现上都得到了强化。游戏难度极高，没有相当的动作射击游戏基础很难顺利通关。
