简介
初代『ロックマン』から100年後、ライト博士が研究未完成なため数十年前に封印したロボット、エックスが主人公の物語。
人間と人間に近い思考回路を持つロボット「レプリロイド」が共存する世界。人間が犯罪を犯すのと同じく、レプリロイドや、人間に使われるだけのロボットであるメカニロイドも、故障し犯罪を犯すものが現れていた。それを速やかに解決、抹消する特殊機関が「イレギュラーハンター」である。ケイン博士によって封印から目覚めたエックスは、Bランクハンターとしてこの機関に所属する事になる。
ある日、謎のイレギュラーが暴走しているとの知らせを受け、シグマ率いる第17精鋭部隊が出撃した。しかし、その圧倒的な力に並みのハンターではかなわず、隊長のシグマが戦いを挑む。ついに、シグマはそのイレギュラーの鎮圧に成功したが、その日からシグマの様子はおかしくなっていったという。シグマによって鎮圧されたイレギュラーは「ゼロ」と呼ばれ、その後は正常な機能を維持。シグマが監視を兼ねる意味でイレギュラーハンター第17精鋭部隊に配属となった。そしてエックスとゼロは先輩後輩の仲から親友となり、ゼロは特Aランクハンターとなる。
それからしばらくした頃、シグマが突然人間に対して反乱を起こした。人間を排除し、レプリロイドだけの世界を築こうというのである。それに乗じてイレギュラーハンターの隊員もシグマ側に付く者もいた。残されたハンター達は戦いを挑んだが、シグマ勢の圧倒的な力に次々と倒されてしまう。
そしてエックスとゼロはシグマの計画を打ち砕くため、たった2人でこの大規模な反乱に立ち向かうのだった。
