简介
1975年，PSP游戏《潜龙谍影: 和平行者》剧情的一年后，正章《潜龙谍影5: 幻痛》的九年前。
在“和平行者”事件之后，曾与“无国界士兵”交战、生死不明的女特工帕兹（Paz Ortega Andrade）还活着，并正在古巴南端的美军基地接受盘问。而“无国界士兵”的少年志愿者奇科（Chico）发现了帕兹的困境，并鲁莽地独自前往营救她
不久之后，被俘虏的奇科传来无线电，寻求帮助。而“无国界士兵”的副手卡兹·米勒（Kazuhira Miller）在接到关于两人被囚禁的情报的同时，联合国对“无国界士兵”的母基地提出了进行核检查的要求。
为了避免母基地拥有核弹头以及二足兵器“ZEKE”的秘密被泄漏，在卡兹·米勒的建议下，“无国界士兵”的首领、拥有着Big Boss称号的传奇佣兵：斯内克（Naked Snake），决定独自潜入集中营，进行营救两人的任务。
然而，这却是悲剧的开始——
